Ao acionar a atualização de pacotes NuGet via prompt de comando (NuGet.exe) ocorre a remoção da referência e em seguida a adição da referência (.csproj), o problema é que neste caso as propriedades extras da referência não são preservadas, por exemplo, o CopyLocal. No caso de um build automatizado é possível contornar este comportamento alterando estas propriedades extras via PowerShell, que demonstro a seguir.

Inicialmente crio uma função PowerShell que manipula o arquivo de projeto (.csproj) como conteúdo Xml e incluo um novo elemento Xml para o CopyLocal, no caso o elemento Private.

Em seguida faço uso do script anterior para aplicar esta alteração para N referências.

Por hoje era só isso!

Issue no NuGet: http://nuget.codeplex.com/workitem/1854